IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test

Валидация аналитического метода и межвидовые исследования

В референтной лаборатории IDEXX разработан инновационный анализ ПЦР в реальном времени для выявления вируса SARS-CoV-2, вызвавшего недавнюю вспышку заболевания человека COVID-19. В основу уникального анализа положено сопоставление опубликованных данных о геноме этого вируса. Анализ IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR отвечает всем требованиям, предъявляемым к валидации аналитических методов. Исследования специфичности, проведенные с применением нового анализа ПЦР, не выявили перекрестной реактивности с коронавирусами, обычно встречающимися у домашних животных. Аналогично, имеющиеся в настоящее время синтетические анализы RealPCR для коронавирусов ветеринарного значения не выявили нуклеиновых кислот, характерных для вируса-возбудителя COVID-19. Диагностические анализы IDEXX RealPCR разрабатываются и выполняются на стандартной платформе для проведения ПЦР в лаборатории молекулярной диагностики (ПЦР), расположенной в г. Вест-Сакраменто (штат Калифорния, США). Для более чем 3500 образцов, взятых у собак, кошек и лошадей, был проведен скрининг с применением нового анализа IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR. Образцы тканей животных были получены в течение четырех недель, начиная с 14 февраля 2020 г., из различных мест США и Южной Кореи, в том числе из регионов, где в данное время отмечаются случаи заболевания COVID-19 среди людей (например, в районе Сиэтла). Одновременно для этих образцов были проведены три анализа, используемые в Центрах США по контролю и профилактике заболеваний (CDC). Вплоть до сегодняшнего дня ни для одного из образцов не были получены положительные результаты. Мы продолжаем мониторинг образцов тканей собак и кошек, предоставленных для проведения панелей диагностических анализов RealPCR, и будем расширять географический охват сбора образцов.

Метод анализа и валидация аналитического метода

Для анализа IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR используется тот же целевой ген нуклеокапсида, что и в анализах CDC. Этот выбор основан на анализе последовательности, показывающем его высокую степень сохранения, адаптации к температуре и аналитическим требованиям нашей стандартизированной платформы. Первая валидация анализа включала BLAST-анализ последовательности генома вируса в сравнении с более чем 300 опубликованными доступными геномными последовательностями. Далее был применен сводный положительный контроль для функциональной валидации анализа с целью оценки его эффективности, соответствия требованиям к надежному соотношению сигнал-шум в ходе амплификации, воспроизводимости в пределах прогонов и между прогонами, и корреляции. Помимо этого в лаборатории IDEXX одновременно с проведением нового анализа были проведены три анализа CDC с целью подтверждения результатов. Три подтверждающих анализа представляли собой адаптированные анализы CDC, которые изначально были опубликованы 24 января 2020 г.1,2

Межвидовость всех четырех анализов на выявление SARS-COV-2 была подтверждена с применением сводных позитивных ветеринарных целей коронавируса и образцов животных, ПЦР-анализ которых дал положительные результаты на наличие респираторного коронавируса собак, кишечного коронавируса собак и кошек, и кишечного коронавируса лошадей. Все эти образцы были предоставлены в IDEXX в диагностических целях. На этапах валидации анализа ПЦР в реальном времени и скрининга применялись следующие виды контроля: 

  • Отрицательный контроль выделения (NEC): все отрицательные виды контроля выделения показали отрицательный результат при проведении ПЦР.
  • Предварительный контроль качества образцов до проведения анализов с применением анализа ПЦР в реальном времени TaqMan® на наличие эндогенного контрольного гена. Все образцы (с положительным и отрицательным результатом ПЦР) прошли контроль качества образцов.
  • Отрицательный контроль ПЦР: все образцы с отрицательным контролем ПЦР дали отрицательные результаты.
  • Положительный контроль ПЦР: все образцы с положительным контролем ПЦР (сводный положительный контроль) дали положительные результаты.
  • Мониторинг загрязнения среды: все образцы, собранные в различных местностях, дали отрицательный результат при проверке на внутрилабораторное загрязнение.

Для образцов, показавших положительный результат на наличие респираторного коронавируса собак, кишечного коронавируса собак и кошек и кишечного коронавируса лошадей, и которые были предоставлены компании IDEXX в диагностичекских целях, также был проведен скрининг с применением всех анализов на выявление SARS-CoV-2. Все три анализа CDC и наш анализ IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR дали отрицательный результат для всех указанных образцов с иными штаммами коронавирусов.

Методика скрининга

Использовались образцы, отобранные случайным образом из всего массива образцов, предоставленных компании IDEXX для выявления респираторного коронавируса собак, кишечного коронавируса собак и кошек и кишечного коронавируса лошадей методом RealPCR. Исходные образцы, использованные для скрининга, включали мазки (преимущественно из глотки и с конъюнктивы) и кал. Состав более чем 3500 образцов, прошедших скрининг в период с 14 февраля по 12 марта:

  • Образцы, использованные для скрининга, были собраны во всех 50 штатах США и в Южной Корее.
  • 55% образцов были получены от собак, 41% от кошек, 4% от лошадей.
  • 77% были респираторными, 23% — фекальными.

 

Ссылки

  1. Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use. CDC publication CDC-006-00019, Revision: 02. www.fda.gov/media/134922/download. Вступил в действие 15 марта 2020 г. По состоянию на 16 марта 2020 г.
  2.  Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV. www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. Обновлено 14 марта 2020 г. По состоянию на 16 марта 2020 г.

Обратитесь в службу поддержки клиентов

Вопросы общественного здравоохранения и другие вопросы, не связанные с клиентами: нажмите здесь